ごくごく、レアケースでしたが過去に何度か対応してきましたので、備忘録をかねて手続きの方法と保険料控除について記載をしておきます。

私が今まで対応してきたものは全て、新入社員のかたが会社の役員をされているケースでした。（それ以外は起こりえないでのはないかと勝手に思っていましたが、今後は要件の緩和もあり多くなってくるのではないですかね。）

複数の事業所に雇用されるようになったときの手続き

（1）被保険者が同時に複数（2か所以上）の適用事業所に使用されることにより、管轄する年金事務所または保険者が複数となる場合は、被保険者が届出を行い、年金事務所または保険者のいずれかを選択します。

（2）届出の結果、選択した事業所を管轄する年金事務所（または健康保険組合）が当該被保険者に関する事務を行うこととなります。なお、健康保険組合を選択した場合であっても厚生年金保険の事務は年金事務所が行います。

※　この届書の提出に当っては、適用事業所の被保険者となるための「健康保険・厚生年金保険　被保険者資格取得届」の提出が前提となります。新たに被保険者となる場合は、事業所から資格取得届が提出されていることを確認してください。

２以上事業所勤務届は、『協会けんぽ＋厚生年金』の場合は、年金事務所だけへの届出で済みます。

医療保険が協会けんぽではなく、健保組合（組合健保とも）に加入している場合等は健保組合にも２以上事業所勤務届を提出します。「選択事業所＝健康保険証の発行元」に２以上事業所勤務届を提出します。

最初のところが健保組合ならそこを選択されたほうが良いかなと。最初が協会けんぽで、２社目（以降も）が健保組合ならそちらを選択される可能性があります。健保組合の方が給付が良いですから。最初のところを選択されない場合は、健康保険資格喪失届が必要になります。